粒子物理与粒子辐照教育部重点实验室依托山东大学，是在山东大学粒子物理与原子核物理学科基础上发展起来的。

山东大学粒子物理与原子核物理学科有着悠久的历史，1930年山东大学物理系建立时的第一位老师王普先生就是一位核物理学家，是著名核物理学家Lise Meitner教授的学生，王普先生是山东大学粒子物理与原子核物理学科的奠基人，1958年在青岛举办的“全国粒子物理与原子核物理理论讲习班”被学界誉为“量子场论在我国的第一次普及”，标志着中国粒子物理理论研究的开始。

山东大学高能物理1981年获批首批博士点，是当时全国高校唯一的高能物理学博士点，1984年培养出全国第一位高能物理学博士。

王克明院士是粒子辐照方向的开创者，2005年获国家自然科学二等奖，2007年当选中国科学院院士。

粒子物理与粒子辐照教育部重点实验室于2010年12月获教育部批准立项建设，2013年11月通过验收。根据教育部文件，为推进高水平研究型大学发展，加快高等学校科技创新体系建设，进一步完善和优化教育部重点实验室的布局，结合当前科学发展方向以及国家重大需求，按照教育部重点实验室建设指导思想及原则，在调研摸底、发布指南、组织申报和立项评审的基础上，经研究，教育部决定批准山东大学“粒子物理与粒子辐照”等26个实验室为2010年度立项建设的教育部重点实验室。

该教育部重点实验室是以山东大学粒子物理与原子核物理国家重点学科为主体，整合相关优势科研力量，围绕基本粒子物理与粒子辐照面临的重大科学问题，重点开展基本粒子物理、粒子探测技术、粒子物理软件平台、材料的粒子辐照效应等方面的研究。2018年将粒子探测器技术与空间探测相结合，拓展了研究方向，设立了空间粒子与辐射探测研究方向。实验室的建设将促进山东大学物理学一级学科的建设，加快物理学科学研究与人才培养的发展，提升山东大学的国际地位和学术影响力。