参照教育部《高等学校重点实验室建设与管理暂行办法》的精神，本实验室是一个相对独立的科研实体。由中华人民共和国教育部和依托单位山东大学相互配合分层次对实验室进行管理，并由中华人民共和国教育部聘任主任一人，全权负责实验室日常工作。本实验室设有学术委员会，其主要职能是决定实验室的研究内容、规划目标、建设方案等。学术委员会原则上每年开会一次。充分利用粒子物理国际大学科的特点和参与的多个国际大型合作实验，进一步巩固和发展与国内外著名研究机构和大学的合作关系，邀请国内外知名学者担任实验室的兼职教授或学术顾问，互派留学人员合作进行科学研究，联合培养人才。实验室内部实行实验平台、课题组的分级管理体制，责任到人。在实验室总的管理原则指导下，各实验平台和课题组根据其内部的实际需要，制订具体学术活动、规章制度以及仪器设备的操作规程。同时，根据实验室的建设情况，制定开放政策和计划，服务于学校、地方和国家的科学技术发展。